علم الأحياء الدقيقة أو الميكروبيولوجيا هو العلم الذى يختص بدراسة الأحياء الدقيقة بما فيها بعض حقيقيات النوى مثل الفطريات والأوليات إضافة إلى بدائيات النوى مثل البكتيريا وبعض الطحالب . أما الفيروسات فيتم دراستها في علم مستقل، حيث لا تصنف ضمن الكائنات الحية بشكل صريح [1]. رغم التطورات في هذا العلم فإن التقديرات تقول انه لم يتم دراسة إلا 0.03% من الميكروبات الموجودة في البيئة الأرضية فالبرغم من ان الميكروبات اكتشفت منذ 300 عام إلا ان علم الأحياء الدقيقة ما زال يعتبر في بداياته مقارنة بعلم الحيوان و علم النبات و علم الحشرات.